• 2008年9月～12月 （米 Showtime）
• 2009年5月～8月 （日 Fox Crime）

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• デクスター シーズン3<トク選BOX> [DVD]
• デクスター シーズン3 Blu-ray BOX

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25. Our Father （新しい危機）
デクスターの日々は平穏に過ぎていたが、ある晩殺しに出かけた先で、思わぬ成り行きから別の相手を手にかけてしまう。デボラは重要事件を担当するが、口が災いして捜査から外される。リタは予想外の事実を告げる。

26. Finding Freebo （フリーボを探せ）
デクスターは殺人課の刑事たちより先にフリーボを始末しなければと焦るが、フリーボを殺しに出かけた先でまた意外な相手と遭遇する。デボラは2つの事件を結びつける。リタは決断を下す。

27. The Lion Sleeps Tonight （百獣の王）
皮剥ぎ犯の2人目の被害者が発見される。デクスターはミゲル・プラド検事にフリーボの発見を諦めさせ、その一方でひそかにデボラを誘導する。

28. All in the Family （家族の絆）
ミゲルは弟のラモンと対立する一方でデクスターへの信頼を強めていく。デボラは同僚のクインとともに強盗殺人事件を担当。デクスターは自分にふさわしい役割を演じようと決心する。

29. Turning Biminese （ラスト・クルーズ）
デクスターはミゲルから妻殺しの男の話を聞き、彼を次の獲物に決める。リタは新生活の準備を着々と進めていく。新たな事件が発生し、マスオカが活躍する。

30. Sí Se Puede （為せば成る）
デクスターはミゲルに手を引かせるため、思い切って困難な計画を提示するが、ミゲルは乗り気な様子を見せる。デボラはラモンに疑いを抱く。

31. Easy as Pie （友達の条件）
エンジェルは情報屋を囮に使おうと考えるが、デボラはそれに反発し、新しい手がかりを自力で発見する。ミゲルはウルフ弁護士の件をめぐってデクスターと対立するが和解する。デクスターはカミラにキーライムパイを届ける。

32. The Damage a Man Can Do （バタフライ効果）
ミゲルの行動は次の段階へと進み、デクスターは不安を感じ始める。デボラはアントンのアパートのそばで木が剪定されていることに気づき愕然とする。

33. About Last Night （信頼の結果）
弁護士が失踪し、デクスターはミゲルの真の姿を知る。デボラは皮剥ぎ犯の正体に気づくが、証拠がないために手を出せない。

34. Go Your Own Way （禁断の扉）
デクスターはミゲルとの関係を今後どうすべきか考え、結論を出す。ラグェルタはミゲルに疑いを抱き始める。

35. I Had a Dream （友情の意味）
ラグェルタに危険が迫り、デクスターはミゲルと対決。デボラは恋人との関係に悩み、ハリーの過ちを知ってショックを受ける。

36. Do You Take Dexter Morgan? （デクスターを夫としますか？）
デクスターは皮剥ぎ犯と対決。デボラは刑事に昇格し、ハリーの情報提供者を調べ始める。ラグェルタは秘密を隠す。